Händelsen inträffade på tisdagen i turistorten Nanyuki vid flygbasen där anläggningen byggs.
Karantäncentret, med 50 bäddar, ska ta emot amerikanska medborgare som reser från Kongo-Kinshasa – epicentrum för det pågående ebolautbrottet. I Kenya finns inga registrerade smittfall och bygget har därför väckt ilska, då den farliga sjukdomen riskerar att komma in i landet.
Demonstranterna anlade bränder och kastade sten mot polisen, som svarade med tårgas och vattenkanoner. Skottlossning förekom också och enligt nyhetsbyrån AFP:s utsända träffades en man i huvudet.
Tiotals personer greps av polisen.
Rättad: I en tidigare version förekom en felaktig uppgift om karantäncentret.
