Den 18-årige Mercedesföraren var tre tiondelar snabbare än sin stallkamrat, britten George Russell på andraplatsen.
Arvid Lindblad gjorde återigen ett starkt kval. Britten, som har en svensk pappa, kom tia i sin Racing Bull-bil och slog bland annat Max Verstappen, Red Bull, som slutade elva. Den fyrfaldige världsmästaren har haft en tuff start på säsongen.
Japans formel 1-deltävling körs på söndag morgon, svensk tid.
