Matchen förblev jämn målmässigt till Manchester City tog ledningen i 37:e minuten, genom Ilkay Gündogan på pass av Riyad Mahrez.
Laget gjorde 0-2 i 39:e minuten, när Erling Haaland fick träff. Manchester City gjorde också 0-3 genom Ilkay Gündogan i 51:a minuten. Det blev också matchens sista mål.
Resultatet betyder att båda lagen har oförändrad position i tabellen, Everton på 17:e plats och Manchester City i serieledning.
Nästa motstånd för Everton är Wolverhampton. Lagen möts lördag 20 maj 16.00 på Molineux Stadium. Manchester City tar sig an Chelsea hemma söndag 21 maj 17.00.