Segern var Brightons fjärde på de senaste fem matcherna.
Brighton startade matchen bäst och tog ledningen. Danny Welbeck gjorde målet, redan i 20:e minuten. Direkt efter pausen nätade Pascal Gross och ökade lagets ledning.
Klicka här för att följa oss på GoogleI 71:a minuten ökade Joao Pedro ledningen ytterligare framspelad av Tariq Lamptey.
I den 73:e minuten reducerade Hannibal Mejbri för Manchester United. Mer än så blev det dock inte för Manchester United.
För tabellens utseende betyder det här att Manchester United ligger på 13:e plats medan Brighton har fjärdeplatsen.
I nästa omgång har Manchester United Burnley borta, lördag 23 september 21.00. Brighton spelar hemma mot Bournemouth söndag 24 september 15.00.