Anthony Gordon blev matchhjälte med sitt avgörande 1-0-mål efter 64 minuter.
Det var sjunde matchen i rad utan förlust för Newcastle.
Vinsten mot Arsenal innebär att Newcastle har fyra segrar i rad på hemmaplan.
Det här var Newcastles andra uddamålsseger den här säsongen.
Arsenals nya tabellposition är tredje plats, medan Newcastle är på sjätte plats.
Nästa gång lagen spelar i serien är lördag 11 november. Då möter Newcastle Bournemouth på Vitality Stadium 18.30. Arsenal tar sig an Burnley hemma 16.00.