Everton har nu tre matcher i rad utan insläppt mål.
Segern var Evertons fjärde på de senaste fem matcherna.
Första halvlek blev mållös och det dröjde till den 54:e minuten innan Abdoulaye Doucoure gav Everton ledningen.
2-0-målet kom på tilläggstid, när Lewis Norman Dobbin slog till och gjorde mål. Det fastställde slutresultatet till 2-0.
I tabellen innebär det här att Chelsea nu ligger på tolfte plats. Everton är på 17:e plats.
Lördag 16 december möter Everton Burnley borta 18.30 och Chelsea möter Sheffield United hemma 16.00.