Segern var Milans fjärde på de senaste fem matcherna.
Milan tog ledningen på tilläggstid i första halvleken, genom Olivier Giroud på straff. Det dröjde till den 72:a minuten innan Davide Faraoni kvitterade för Verona.
Först med fem minuter kvar att spela tog Milan ledningen genom Rafael Leao.
3-1-målet kom på tilläggstid, när Rafael Leao ännu en gång slog till och gjorde mål. Det fastställde slutresultatet till 3-1.
Matchresultatet innebär att Milan slutar på fjärde plats.