Segermålet för Inter stod Federico Dimarco för efter 51 minuter.
Inget av lagen lyckades göra mål under första halvlek, men efter pausen slog Federico Dimarco till och gav Inter ledningen.
Det här var Empolis andra uddamålsförlust den här säsongen.
Empoli har haft en tuff start på serien och är helt utan poäng efter fem spelade matcher. Inter har 15 poäng.
Onsdag 27 september spelar Empoli hemma mot Salernitana 18.30 och Inter mot Sassuolo hemma 20.45 på Giuseppe Meazza.