Segermålet för Cagliari stod Gabriele Zappa för efter 69 minuter.
Inget av lagen lyckades göra mål under första halvlek, men efter pausen slog Nicolas Viola till och gav Cagliari ledningen.
I 51:a minuten nätade Albert Gudmundsson, och kvitterade för Genoa.
Cagliaris Gabriele Zappa gjorde 2-1 i 69:e minuten.
Det här var Cagliaris andra uddamålsseger den här säsongen. Förlusten var också Genoas fjärde uddamålsförlust.
För Cagliari gör resultatet att man nu ligger på 17:e plats i tabellen, medan Genoa är på 14:e plats.
Cagliari tar sig an Juventus i nästa match borta lördag 11 november 18.00. Genoa möter Verona hemma fredag 10 november 20.45.