Under spelningen direktsändes bland annat hårda slagord mot Israels militär (IDF).
"BBC respekterar yttrandefriheten men är starkt emot alla uppmaningar till våld. Bob Vylans antisemitiska uttalanden var fullständigt oacceptabla och hör inte hemma i våra sändningar," säger företrädare för public service-bolaget i ett uttalande på måndagen.
Filmklipp från konserten undersöks just nu av brittisk polis, och sändningen har fått hård kritik, inte minst från politiskt håll.
Storbritanniens kulturminister Lisa Sandy har pratat med BBC:s chef om uppträdandet, och hälsominister Wes Streeting har sagt till Sky News att såväl BBC som festivalledningen måste svara på hur slagorden kunde sändas ut till miljontals människor.
BBC direktsände många av Glastonburys konserter, men hade sagt nej till spelningen av den irländska kontroversiella rapgruppen Kneecap.
På måndagen meddelade USA att man på grund av Bob Vylans Glastonburyuppträdande återkallar den brittiska gruppens visum till landet.
”Utlänningar som glorifierar våld och hat är inte välkomna att besöka vårt land”, skriver biträdande utrikesminister Christopher Landau på X.
