Boende nära den 1 584 meter höga toppen uppmanas hålla sig minst sex kilometer ifrån berget och bära munskydd. Chefen för Indonesiens geologiska myndighet varnar också för eventuella lavaströmmar i området.
Beredskapen har höjts till den högsta möjliga.
Utbrottet skedde under natten till måndagen lokal tid. Det följdes av ytterligare ett några timmar senare.
Vulkanen i berget, vars fulla namn är Lewotobi Laki-Laki, har haft flera utbrott de senaste året. I höstas dödades nio personer i ett jätteutbrott som tvingade flera flygbolag att ställa in avgångar till Bali.
