Eldsvådan bröt ut på fartyget KM Barcelona på söndagen, ungefär en timme från semesterorten Likupang i de norra delarna av provinsen Sulawesi. Många passagerare hoppade i vattnet i samband med händelsen.
Lokala fiskare har hjälpt kustbevakning och sjöräddning i räddningsinsatsen.
Tidigare uppgavs att fem personer omkommit, men siffran ändrades efter det att två personer som rapporterats omkomna dök upp på sjukhus.
Fartyget har kapacitet för att ha 600 personer ombord.
