Konflikten har pågått sedan i maj förra året då nunnorna offentligt förklarade att de inte längre erkänner påvens auktoritet.
I ett 70-sidigt manifest kritiserade de Vatikanen – som de anser är i fritt fall – och kallade kyrkans ledare för motsägelsefulla och korrupta.
De nio systrarna i Sankt Klara-orden anser att deras försök att köpa ett annat kloster i Baskien saboterats av kyrkliga myndigheter. De har i stället anslutit sig till Pablo de Rojas, en tidigare exkommunicerad ultrakonservativ präst som hävdar att alla påvar efter Pius XII (som dog 1958) är tillsatta på olaglig väg.
Ärkebiskopen i Burgos begär att nunnorna lämnar det 1400-talskloster de bott i, eftersom de efter exkommunikationen inte längre har rätt att använda kyrkans egendom.
Domstolen går nu på kyrkans linje: systrarna måste lämna klostret, annars kan de avhysas med tvång.
Nunnornas advokat säger att beslutet kommer att överklagas. En av systrarna, Paloma, hävdar att klostret är deras och att de i egenskap av nunneorden äger det.
