Officiellt blev japanerna 908 574 färre, en nedgång med 0,75 procent. Japans befolkning uppgår nu till drygt 120 miljoner, enligt statistiken.
Låga födelsetal är ett problem i många länder, men särskilt akut i Japan där fenomenet har pågått i åratal. Det senaste tappet beskrivs som det största sedan statistik började föras 1968. Befolkningen har nu minskat 16 år i rad, enligt inrikesdepartementet.
Premiärminister Shigeru Ishiba har utlovat familjevänliga åtgärder för att vända trenden, bland dem flexibla arbetstider och gratis barnomsorg.