Evakueringsordrar och varningar gäller för flera regioner. För regionen Kumamoto gäller den högsta varningen.
Det kraftiga regnet och efterföljande översvämningar som började förra veckan beskrivs av Japans meteorologiska byrå (JMA) som ”livshotande". Flera personer har rapporterats saknade.
Över 37 centimeter regn föll under sex timmar på måndagen i staden Tamana, enligt JMA.