Drönarattacken genomfördes i lördags och riktades mot ett bostadshus i stadsdelen Rimal i västra Gaza stad. Fem personer dödades och flera skadades, enligt lokala sjukvårdskällor.
Det var initialt oklart om Obeida, vars riktiga namn är Hudayfa Samir Abdallah al-Kahlout, fanns bland offren.
Men under söndagen säger Israels försvarsminister Israel Katz att man kunnat bekräfta hans död, rapporterar israeliska medier.
Terrorstämplade Hamas har ännu inte kommenterat. Om de israeliska uppgifterna stämmer är det den högst uppsatta Hamasmedlemmen att dödas på länge.
Enligt Sky News Arabia befann sig även Obeidas fru och barn i lägenheten vid anfallet.
På bilder från platsen syns hur minst två våningar i huset totalförstördes i attacken. Lokalbor vittnar om förtvivlade scener då offren evakuerades från platsen, rapporterar israeliska Haaretz.
Tidigare på söndagen bekräftade Hamas att Mohammed Sinwar, extremiströrelsens militära ledare, är död. Israel slog fast att Sinwar dödats redan i maj.
