Ingen person ska ha kommit till skada och drönaren ska inte ha varit bestyckad med vapen, enligt AP.
FN-styrkan UNIFIL säger att Israel bryter mot en resolution från säkerhetsrådet genom att låta drönare flyga över libanesiskt luftrum.
Israel har bekräftat att drönaren är deras, men har i övrigt inte kommenterat händelsen.
Händelsen inträffar två veckor efter att israeliska drönare släppt fyra granater i närheten av medlemmar ur den fredsbevarande styrkan då dessa arbetade med att röja vägspärrar. Ingen skadades i den attacken.
