Bilder på blodiga kroppar inifrån anstalten spreds på sociala medier efter upploppet och familjemedlemmar till intagna samlades under torsdagen utanför fängelset, oroliga för sina anhöriga.
Det är det andra dödliga fängelseupploppet på bara några dagar. I måndags dog tretton intagna och en fängelseanställd i våldsamheter på ett fängelse i Machala i landets sydvästra delar.
Det tidigare relativt säkra Ecuador har de senaste åren drabbats av en kraftig våldsvåg med kopplingar till organiserad brottslighet. Landet, som ligger mellan Colombia och Peru där en stor del av världens kokain produceras, har utnyttjats av drogkartellerna som nytt transitland för exporten till Europa och Nordamerika.
Hundratals fångar har de senaste åren dödats i de brutala gängkrig som följt i utvecklingens spår.
