Drönarresterna hittades i Tulcea nära gränsen till Ukraina, enligt departementet.
Omständigheterna är ännu oklara.
Det är inte första gången drönare letar sig in i Rumänien, som har en över 600 kilometer lång gräns mot Ukraina. Tidigare i september uppgav försvarsdepartementet i Bukarest att en drönare kränkt landets luftrum i samband med ett ryskt angrepp mot Ukraina. Natolandet Rumänien svarade då med att skicka upp två stridsflygplan.
I förra veckan gav militären grönt ljus till att skjuta ned obemannade drönare och stridsflygplan som kränker rumänskt luftrum.
