Den 44-årige spanjoren togs till sjukhus med ambulans men kunde senare skrivas ut med rivsår på armen.
Shirakawago ligger i mellersta Japan och är känt för sina traditionella hus som är upptagna på FN:s världsarvslista. Där har nu vandringsleder stängt och polis patrullerar gatorna.
Åtgärderna vidtas bara några dagar efter att en kvinna dödats och en rapporterats som saknad efter en björnattack i norra Japan. Kvinnorna var ute och plockade svamp tillsammans med två andra personer när björnen gick till attack, enligt lokala medier. Olyckan skedde på ett berg i prefekturen Miyagi.
Och i prefekturen Nagano hittades en kropp med rivmärken, där en björn misstänks ligga bakom dödsfallet.
Björnstammen i Japan har ökat på senare år. Enligt publice service-bolaget NHK har 69 personer attackerats av björnar mellan april och augusti i år, fem har dödats.
