Olyckan inträffade nära semesterön Langkawi i nordvästra Malaysia, nära gränsen till Thailand.
En sök- och räddningsinsats pågår och hittills har tio personer räddats, bland dem bangladeshiska medborgare och rohingyer från Myanmar.
Utöver den sjunkna båten saknas ytterligare två båtar med ungefär lika många passagerare ombord, uppger malaysisk polis.
Malaysia är hem för miljontals migranter från fattigare delar av Asien, många av dem oregistrerade, som arbetar inom bland annat jordbruk och byggindustrin.
Överfarterna med båt är farliga och flera dödsfall har tidigare inträffat i samband med att migrantbåtar kapsejsat.




