Inrikesminister Marco Antonio Villeda sade att han är beredd att prata med fångarna, men att han inte skulle gå med på deras krav.
Enligt ett uttalande från inrikesdepartementet beror fångarnas uppror på att privilegier tagits bort från vissa gängledare.
Klicka här för att följa oss på Google"I Guatemala förhandlar vi inte med terrorister eller med organiserad brottslighet", står det i uttalandet.
Poliser har placerats ut runt de tre fängelserna men det finns inga rapporter om skador eller dödsfall.
I oktober förra året rymde 20 gängmedlemmar från flera fängelser i landet. Och i augusti samma år togs två vakter som gisslan efter ett uppror på fängelset Gaviotas i huvudstaden Guatemala City.
