Den israeliska räden skedde i södra Libanon, mot orten al-Tiri, på onsdagen. Hennes uppdragsgivare, Al-Akhbar, bekräftade sent på kvällen att tidningens reporter dödats i anfallet.
Libanons civilförsvar kunde återfinna hennes kvarlevor efter timmar av arbete i ruinerna av ett hus som var uppenbar måltavla för attacken.
Organisationen Reportrar utan gränser (RSF) utfärdade en internationell appell om påtryckningar på israelisk militär att låta sökandet efter henne få ske.
Rapporter beskrev hur israelisk militär besköt området för att försvåra sökandet efter Khalil.
Även fotojournalisten Zeinab Faraj var vid platsen för räden, men klarade sig.
