Thompson säger även att myndigheterna har försökt störa satellitsändningar från BBC, genom att näst intill dränka telefonlinjerna med automatiska samtal.
Förra månaden anklagade Thompson den iranska statsmakten för att arrestera och hota journalisters familjer, allt för att tvinga bort dem från kanalen.
– Det är svårt, och det kan visa sig omöjligt att bevisa den ursprungliga källan till attackerna, men försök till att störa BBC:s verksamhet i Iran är inget nytt och vi betraktar dessa med en självklar misstänksamhet, säger Thompson. Han säger sig inte vilja ge fler detaljer, men menar att BBC fortsätter sitt arbete i området.
De iranska myndigheterna har ännu inte kommenterat ärendet.