"Det var ett fantastiskt race idag – den här segern betyder otroligt mycket", säger 20-åringen i ett pressmeddelande.
I lördagens sprint blev Beganovic utan poäng efter att ha straffats för en kollision ute på banan och flyttats ner från sjätte till 13:e plats.
Beganovic kör för toppteamet Prema och Linköpingskillen är en del av Ferraris förarakademi. Efter två deltävlingar ligger svensken fyra i totalställningen.
