Stavhopparen – vars stora mål och avskedsföreställning har varit sommarspelen i Frankrike – lyckades inte kvala in under franska mästerskapen.
37-åringen behövde klara 5,82 meter men rev ut sig på 5,72.
Lavillenie vann OS-guld i London 2012, satte världsrekord 2014 och tog silver i Rio de Janeiro två år senare.
