McLarens Oscar Piastri var snabbast och Red Bulls debutant Yuki Tsunoda hade först 18:e tid. Men det var händelserna som orsakade fyra rödflagg som dominerade träningen.
Alpines Jack Doohan åkte av banan och kraschade mot staketet i full fart.
Bilen blev svårt skadad och ett hjul flög av. Australiern kunde dock kliva ur bilen oskadd.
Även Aston Martins Fernando Alonso åkte av banan och bilen grävdes ner djupt i gruset, så att den var tvungen att lyftas bort.
Träningen stoppades även två gånger då gnistor från bilarna orsakat mindre gräsbränder.
På söndag avgörs Japans GP på Suzuka-banan, årets tredje lopp i VM-serien i formel 1.
