Djokovic och Murray, rivaler på banan under många år, inledde lite överraskande samarbetet i november. Men under deras tid tillsammans vann Djokovic inga titlar.
"Tack, coach Andy, för allt hårt jobb och support de senaste sex månaderna på och vid sidan av banan", säger serben i ett uttalande.
Djokovic, som vunnit 24 grand slam-tävlingar, har haft en tung säsong hittills med förlust i sin första match i fyra av de fem senaste turneringarna han har varit med i.
"Tack till Novak för en otrolig möjlighet att jobba tillsammans, och tack till hans team för all hårt jobb de senaste sex månaderna", säger Andy Murray i ett uttalande.
Vem som ersätter Murray är inte känt.
Franska mästerskapen, årets andra grand slam-turnering, startar den 25 maj.
