Nathell var en knapp sekund efter vinnaren Fernando Pimenta, Portugal, i mål, men knep silvret en hundradel före trean Bálint Kopasz, Ungern.
Nathell nådde OS-finalen på distansen förra sommaren, men fick då nöja sig med en sjundeplats.
I EM-finalen i Tjeckien hade 30-åringen OS-guldmedaljören och hemmahoppet Josef Dostál (fyra) efter sig i mål.
