Chelsea tvingas betala 20 miljoner euro, motsvarande cirka 236 miljoner kronor, medan Barcelona får böta 15 miljoner euro, cirka 177 miljoner kronor.
De bägge storklubbarna riskerar dessutom ytterligare böter kommande säsonger om de inte klarar Uefas ekonomiska krav.
Chelsea har granskats för en intern försäljning av två hotell inom klubbens eget ägarbolag, Blueco 22, där affären uppgick till drygt 1 miljard kronor.
Chelseas böter motsvarar det rekordstraff på 20 miljoner euro som Uefa delade ut 2014 till Manchester City och Paris Saint-Germain. Det var de första straffen inom det då nya systemet med finansiell fair play.
Även franska Lyon straffas. Klubben får böta 12,5 miljoner euro, cirka 147 miljoner kronor.
