Kiplimo, 24, blev tidigare i år först att springa ett halvmaraton under 57 minuter när han noterade 56.42 i ett lopp i Barcelona.
Cheptegei, 28, vann OS-guld på 5 000 meter i Tokyo 2021 och följde upp med ett nytt guld på 10 000 meter i Paris förra året.
— Vi respekterar de personliga skälen, säger Don Rukare, ordförande i Ugandas olympiska kommitté.
VM i Tokyo inleds den 13 september.