Söndagens 1–2-förlust är den största skrällen för Tjeckien sedan 0–1-förlusten mot Luxemburg för 20 år sedan.
Fiaskot blev även droppen för förbundets ordförande, David Trunda.
— Vi har avslutat samarbetet med Ivan Hašek från och med i dag (onsdag), säger Trunda och uppger att landslaget kommer att ledas av en tillfällig tränare resten av kvalet.
Tjeckien ligger tvåa i sin VM-kvalgrupp, tre poäng bakom Kroatien, som har en match mindre spelad.
Färöarna, med sina 50 000 invånare, ligger trea i gruppen och måste vinna mot Kroatien samtidigt som Tjeckien förlorar mot Gibraltar för att nå playoff till VM.