Den 22-årige svensken såg möjligheten i slutet av söndagens lopp, körde om Kush Maini från Indien på det sista varvet och säkrade säsongens andra pallplats i F2-cirkusen.
Domarna granskade situationen, men Beganovic klarade sig undan bestraffning och slutade trea efter Nikola Tsolov, Bulgarien och irländaren Alex Dunne.
I och med pallplatsen får Dino Beganovic 15 poäng och klättrar till en sjätteplats i totalställningen, fem poäng bakom norrmannen Martinius Stenshorne som är trea.
Tävlingarna rullar vidare i Barcelona nästa vecka.
