Oroligheterna utbröt efter slutsignalen sedan bortalaget Atletico Nacional besegrat Deportivo Independiente i Medellin med 1–0.
Bilder från sociala medier visar hur dussintals supportrar från de båda lagen sprang in på planen och kastade projektiler mot varandra.
Klicka här för att följa oss på GoogleKravallpolis ingrep för att försöka få stopp på bråket.
Enligt Medellins säkerhetssekreterare Manuel Villa skadades 52 fotbollssupportrar och enligt polisen skadades sju poliser.
Inga gripanden gjordes, men filmer från övervakningskameror används för att identifiera de skyldiga.
Bortasupportrar brukar inte tillåtas i Colombia men till cupfinalen, inför 43 000 åskådare, hade undantag gjorts.
Prisceremonin efter matchen fick ställas in. Minst 150 supportrar har dödats i våldsamheter inom colombiansk fotboll sedan 2008, enligt oberoende undersökningar.
