Målet var hans femte i Premier League efter sommarens övergång från Sporting Lissabon och det första sedan den 1 november.
Gyökeres skadade sig i samma match, mot Burnley, och missade fyra matcher. Spelklar igen gick han mållös av planen i fem matcher – mestadels som inhoppare – för ligaledaren.
Klicka här för att följa oss på GoogleArsenal fick straff för en klar hands på en Evertonspelare i den 27:e minuten, men först efter en VAR-koll. Lagkaptenen Martin Ødegaard tog först hand om bollen varpå han lämnade över den till Gyökeres.
Engelske landslagsmålvakten Jordan Pickford gick åt rätt håll, men var inte i närheten av att stoppa den hårt slagna straffen.
Leandro Trossard prickade stolpen precis innan Gyökeres klev av efter 65 minuter och ersattes av Gabriel Jesus.
Arsenal leder fortsatt Premier League, två poäng före Manchester City.
I kvällens andra match tog bottenlaget Leeds, med landslagsbacken Gabriel Gudmundsson i startelvan, en viktig seger – klara 4–1 hemma mot Crystal Palace. Leeds har nu en marginal på sex poäng ned till nedflyttningsstrecket.
