Beskedet kommer dagen efter förlusten i supercupfinalen mot ärkerivalen Barcelona.
Enligt Real Madrid, som kallar Alonso för en klubblegendar i pressmeddelandet, togs beslutet gemensamt.
Klicka här för att följa oss på Google”Real Madrid kommer alltid vara hans hem”, skriver klubben.
Den 44-årige spanjorens sejour blev därmed bara ett halvår lång, efter att ha spenderat fem år i klubben som spelare.
42-årige Álvaro Arbeloa, även han en tidigare Real Madrid-spelare, flyttas upp från B-laget och tar över som A-lagstränare.
Real Madrid ligger tvåa i ligatabellen, fyra poäng bakom serieledande Barcelona.
