Liverpools svenske landslagsanfallare hoppade in i den 67:e minuten när matchen låg och vägde.
Från bänken fick Isak se Liverpool ta ledningen i den sjätte minuten efter att Ryan Gravenberch stänkt in 1–0-målet. Chelsea svarade nästan 30 minuter genom Enzo Fernández.
Det skulle visa sig bli matchens sista mål, även om Cole Palmer trodde att han hade gjort 2–1 för bortalaget i början av den andra halvleken. VAR-rummet hittade dock en offside.
Resultatet innebar att Chelsea bröt sin sex matcher långa förlustsvit i ligan.
