Adam Carlén slog till på övertid och blev matchhjälte med sitt 2-1-mål.
Första halvlek blev mållös och det dröjde till den 64:e minuten innan Hampus Zackrisson framspelad av Ismet Lushaku gav Varbergs BoIS FC ledningen.
I 74:e minuten kvitterade Lucas Kåhed för IFK Göteborg framspelad av Hussein Carneil.
Det matchavgörande målet kom på stopptid, när Adam Carlén slog till och gjorde 1-2 för IFK Göteborg på pass av Arbnor Mucolli. Carlén fullbordade därmed lagets vändning.
Det här var Varbergs nionde uddamålsförlust den här säsongen. Det var även IFK Göteborgs femte uddamålsseger.
Resultaten i sista omgången betyder att Varberg slutar på 16:e plats i tabellen, och IFK Göteborg på 13:e plats.