Lucas Holer slog till efter 71 minuter och blev matchhjälte med sitt 2-1-mål.
Inget av lagen fick in något mål under första halvlek, men direkt efter pausen slog Maximilian Philipp till och gav Werder Bremen ledningen.
Klicka här för att följa oss på GoogleI 66:e minuten slog Roland Sallai till, på pass av Lucas Holer och kvitterade för Freiburg.
I den 71:a minuten avgjorde Lucas Holer matchen framspelad av Roland Sallai. Holer fullbordade därmed lagets vändning.
Werder Bremen har två oavgjorda och tre förluster och 8–11 i målskillnad på de senaste fem matcherna, medan Freiburg har två vinster, två oavgjorda och en förlust och 6–5 i målskillnad. Det här var Werder Bremens åttonde uddamålsförlust den här säsongen. Det var även Freiburgs sjunde uddamålsseger.
I nästa match möter Werder Bremen Hertha Berlin borta på lördag 22 april 15.30. Freiburg möter Schalke 04 söndag 23 april 15.30 hemma.