Lucas Holer slog till efter 71 minuter och blev matchhjälte med sitt 2-1-mål.
Inget av lagen fick in något mål under första halvlek, men direkt efter pausen slog Maximilian Philipp till och gav Werder Bremen ledningen.
I 66:e minuten slog Roland Sallai till, på pass av Lucas Holer och kvitterade för Freiburg.
I den 71:a minuten avgjorde Lucas Holer matchen framspelad av Roland Sallai. Holer fullbordade därmed lagets vändning.
Werder Bremen har två oavgjorda och tre förluster och 8–11 i målskillnad på de senaste fem matcherna, medan Freiburg har två vinster, två oavgjorda och en förlust och 6–5 i målskillnad. Det här var Werder Bremens åttonde uddamålsförlust den här säsongen. Det var även Freiburgs sjunde uddamålsseger.
I nästa match möter Werder Bremen Hertha Berlin borta på lördag 22 april 15.30. Freiburg möter Schalke 04 söndag 23 april 15.30 hemma.