Första halvlek blev mållös och det dröjde till den 69:e minuten innan Serge Gnabry gav Bayern München ledningen.
Kingsley Coman ökade Bayern Münchens ledning i 79:e minuten. Det fastställde slutresultatet till 2-0.
Bayern München har tre segrar, en oavgjord och en förlust och 9–6 i målskillnad på de senaste fem matcherna, medan Hertha Berlin har en oavgjord och fyra förluster och 5–13 i målskillnad.
Nästa gång lagen spelar i serien är lördag 6 maj. Då möter Bayern München Werder Bremen på Weserstadion 18.30. Hertha Berlin tar sig an VfB Stuttgart hemma 15.30.