Matchen fick ingen riktig karaktär förrän Red Bull Leipzig tog ledningen efter en knapp halvtimmes spel, genom Lois Openda på straff.
Laget gjorde också 2-0 i slutet av första halvleken, genom Yussuf Poulsen framspelad av David Raum.
Heidenheim reducerade till 2-1 på tilläggstid i första halvleken, genom Benedikt Gimber framspelad av Norman Theuerkauf. Andra halvlek blev mållös och matchen slutade med seger för Red Bull Leipzig med 2-1.
Det här var Red Bull Leipzigs andra uddamålsseger den här säsongen. Förlusten var också Heidenheims tredje uddamålsförlust.
För tabellens utseende betyder det här att Red Bull Leipzig ligger på fjärde plats medan Heidenheim är på 14:e plats.
Red Bull Leipzig tar sig an Borussia Dortmund i nästa match borta lördag 9 december 18.30. Heidenheim möter samma dag 15.30 Darmstadt hemma.
