Segern var Bayern Münchens nionde på de senaste tio matcherna, och sjätte hemmasegern i rad.
Jamal Musiala gjorde två och Harry Kane ett mål för Bayern München.
Bayern München stannar därmed på andra plats, och Hoffenheim på sjunde plats, i tabellen.
I nästa omgång har Bayern München Werder Bremen hemma på Allianz Arena, söndag 21 januari 15.30. Hoffenheim spelar borta mot Freiburg lördag 20 januari 15.30.