Segern var Villarreals fjärde på de senaste fem matcherna.
Det dröjde till den 76:e minuten innan Dani Parejo gav Villarreal ledningen.
Nicolas Jackson ökade Villarreals ledning i 80:e minuten. Det fastställde slutresultatet till 2-0.
Det här betyder att Villarreal ligger kvar på sjätte plats i tabellen, och Real Sociedad på fjärde plats.
Lördag 8 april spelar Villarreal borta mot Real Madrid 21.00 och Real Sociedad mot Getafe hemma 18.30 på Reale Arena.