Antoine Griezmann slog till efter 43 minuter och blev matchhjälte med sitt 2-1-mål.
Atletico Madrid startade matchen piggt och tog ledningen direkt i matchöppningen. Efter bara fem minuter slog Antoine Griezmann till.
I 37:e minuten kom 1-1 genom ett snöpligt självmål.
Atletico Madrid tog ledningen strax före paus, återigen genom Antoine Griezmann. Andra halvlek blev mållös och matchen slutade med seger för Atletico Madrid med 2-1.
Det här var Atletico Madrids elfte uddamålsseger den här säsongen. Förlusten var också Almerias åttonde uddamålsförlust.
I nästa omgång har Atletico Madrid Barcelona borta på Camp Nou, söndag 23 april 16.15. Almeria spelar hemma mot Atlethic Bilbao lördag 22 april 16.15.