Rayo Vallecano tog ledningen strax före halvtidsvilan, genom Isi Palazon på straff. Och med åtta minuter kvar att spela ökade Rayo Vallecano ledningen genom Jorge De Frutos. 2-0-målet blev matchens sista.
För hemmalaget betyder resultatet fjärde plats i tabellen. Alaves är på tolfte plats.
Rayo Vallecano tar sig an Villarreal i nästa match hemma söndag 24 september 16.15. Alaves möter Atlethic Bilbao hemma fredag 22 september 21.00.