Matchen var mållös till Atletico Madrid tog ledningen i 26:e minuten, genom Rodrigo Riquelme.
Laget ökade ledningen till 2-0 på tilläggstid i första halvleken, genom Alvaro Morata framspelad av Koke. Reduceringen till 2-1 kom på tilläggstid, när Ander Guevara slog till och gjorde mål för Alaves. Fler mål än så blev det inte för Alaves.
Det här var Atletico Madrids tredje uddamålsseger den här säsongen. Förlusten var också Alaves tredje uddamålsförlust.
Det här betyder att Atletico Madrid ligger på tredje plats i tabellen, och Alaves är på 17:e plats.
I nästa match möter Atletico Madrid Las Palmas borta på fredag 3 november 21.00. Alaves möter Almeria söndag 5 november 14.00 hemma.