Första halvlek blev mållös och det dröjde till den 55:e minuten innan Viktor Tsygankov gav Girona ledningen.
I 67:e minuten slog Inaki Williams till, och kvitterade för Atlethic Bilbao. 1-1-målet blev matchens sista.
Det här var Gironas andra oavgjorda match den här säsongen.
Atlethic Bilbao ligger på femte plats i tabellen efter matchen, medan Girona är på andra plats.
Girona tar sig an Valencia i nästa match hemma lördag 2 december 14.00. Atlethic Bilbao möter samma dag 16.15 Rayo Vallecano hemma.