Segern var Gironas åttonde på de senaste nio matcherna.
Matchen förblev jämn målmässigt till Girona tog ledningen i 23:e minuten, genom Artem Dovbyk.
Laget gjorde också 2-0 alldeles före halvtidspausen, genom Portu. Girona gjorde också 3-0 genom Artem Dovbyk på straff i 58:e minuten. Det blev matchens sista mål.
Girona tar sig an Real Betis i nästa match borta torsdag 21 december 19.00. Alaves möter samma dag 21.30 Real Madrid hemma.