Museet har funnits på Helgeandsholmen sedan 1986. Men i våras beslutade riksdagsförvaltningen att säga upp museet för att i stället bygga ett nytt besökscenter till riksdagen. Sedan dess har fler debattörer höjt sina röster för att museet ska få vara kvar i de nuvarande lokalerna, som också rymmer medeltida fornlämningar som inte går att flytta.
Om inte något annat beslut fattas är tanken att museet ska flytta till Börshuset i Gamla stan. I väntan på att Nobelmuseet ska flytta från Börshuset ska dock Medeltidsmuseet tillfälligt flytta in i Storkyrkoboden.