I debattartikeln jämför Gessen Gaza med nazisternas getton, något som i Tyskland kan uppfattas som kontroversiellt.
Gaza är "som ett judiskt getto i ett östeuropeiskt land ockuperat av Nazityskland", skriver Gessen och fortsätter:
"Gettot håller på att likvideras."
Masha Gessen har judisk bakgrund och delar av hennes släkt dödades i Förintelsen, enligt henne själv.
Priset skulle ursprungligen ha delats ut vid en ceremoni i Bremens stadshus i fredags, men sponsorerna Heinrich Böll Foundation och Bremens stads styrelse drog sig ur. I stället hölls evenemanget under lördagen i en mindre lokal med omkring 50 gäster närvarande och under polisbevakning.
Enligt Heinrich Böll Foundation är jämförelsen "oacceptabel", men eftersom en jury i somras beslutade ge Gessen priset gick det inte att ställa in evenemanget.